安徽省铜基材料数字化智能制造工程研究中心实行学术委员会指导下的主任负责制。学术委员会指导研究工作，开展决策、评估和监督，是研究中心建设、科学研究、人才培养等重大学术事项的决策机构。学术委员会设立主任1名，副主任1名，委员9名。

研究中心由主任、副主任、专职主任助理组成管理委员会，接受学术委员会指导。管理委员会主要负责起草中心建设规划、建设方案、年度研究项目指南、年度运行报告等。

研究中心下设综合管理部、技术研发部、测试验证部和成果转化部。综合管理部负责中心的运作、管理、服务等日常事务；技术研发部主要负责技术咨询、凝练产业共性技术难题和技术攻关等工作，下设若干研究室（智能体协同控制研究室、机器视觉研究室和边缘计算研究室）；测试验证部主要负责产品质量检测和大规模量产前的试验，包括产品质量检测中心和中试验证中心；成果转化部主要负责人才培养、标准化研究和对外科技合作等。